S rostoucí digitalizací a komplexností legislativy je kvalitní fakturační program nezbytným nástrojem pro každého českého živnostníka a malou firmu. Rok 2026 s sebou nese další optimalizace a automatizace, které šetří čas a minimalizují riziko chyb.
Při výběru ideálního nástroje hraje klíčovou roli jednoduchost ovládání, automatické párování plateb, mobilní aplikace a možnost propojení s vaší účetní (exporty do POHODA, Money S3).
Přinášíme srovnání 5 nejlepších a nejoblíbenějších online fakturačních systémů pro rok 2026.
1. 🥇 Fakturoid: Robot pro Živnostníky
Fakturoid je jedním z nejoblíbenějších nástrojů, který si zakládá na maximální jednoduchosti a uživatelské přívětivosti. Je ideální pro freelancery, OSVČ a malé firmy, které chtějí fakturaci zautomatizovat co nejvíce.
| Klíčové Vlastnosti | Detaily |
| Cílová skupina | Freelanceři, OSVČ, malé služby. |
| Automatizace | Automatické upomínky neplatičům, pravidelné faktury. |
| Párování banky | Plné automatické napojení na české banky a párování plateb. |
| Mobilní aplikace | Ano, jednoduchá a intuitivní pro vystavování faktur v terénu. |
| Integrace | E-shopy (Shoptet, WooCommerce) a účetní programy (POHODA, Money S3). |
| Specifikum | Pravidelné aktualizace a skvělá zákaznická podpora. |
Shrnutí: Fakturoid je synonymem pro rychlost a přehlednost. Pokud hledáte „chytrého robota“, který za vás většinu práce obstará, je to volba číslo jedna.
2. 🥈 iDoklad: Univerzální Nástroj pro Růst
iDoklad patří k největším hráčům na trhu a je často volbou pro ty, kteří očekávají, že jejich podnikání poroste. Nabízí robustní řešení s možností správy ceníků, skladů a evidencí nákladů.
| Klíčové Vlastnosti | Detaily |
| Cílová skupina | Malé a střední firmy, e-shopy. |
| Verze zdarma | Ano, často omezeno na nízký počet odběratelů (např. 5). |
| Mobilní aplikace | Ano, s vysokým hodnocením pro práci v terénu. |
| Rozsah funkcí | Kromě fakturace i správa nákladů, ceníky, sklady (v placených tarifech). |
| Integrace | Široké možnosti napojení na e-shopy (Shoptet, WooCommerce) a CRM systémy. |
| Specifikum | Ideální pro plátce DPH, kteří potřebují mít pod kontrolou přiznání a kontrolní hlášení. |
Shrnutí: iDoklad je komplexnější a robustnější než Fakturoid, vhodný pro firmy, které potřebují pokročilou evidenci a očekávají zapojení účetní.
3. 🥉 Vyfakturuj.cz: Široká Funkcionalita a Dobrý Poměr Cena/Výkon
Vyfakturuj.cz je často vyzdvihován pro svou komplexnost funkcí za příznivou cenu. Výrazně cílí na automatizaci procesů, včetně pokročilých možností platebních bran.
| Klíčové Vlastnosti | Detaily |
| Cílová skupina | Živnostníci, malé a střední firmy se zájmem o automatizaci plateb. |
| Platební brány | Pokročilé propojení s platebními bránami (GoPay, PayPal) a karetními platbami. |
| Exporty | Plná kompatibilita s nejpoužívanějšími účetními programy (POHODA, Money S3). |
| Správa firem | Možnost spravovat více firem z jednoho uživatelského účtu. |
| Recenze | Vynikající poměr cena/výkon a vysoké hodnocení uživatelů. |
Shrnutí: Skvělá volba pro ty, kteří fakturují velký objem zakázek, chtějí mít pokročilé statistiky a potřebují propojení s platebními bránami pro rychlou úhradu faktur.
4. Money S3 / mPOHODA: Propojení s Účetnictvím
Aplikace mPOHODA (od výrobce účetního software POHODA) a Money S3 (popř. jeho online varianty) jsou primárně určené pro ty, kteří chtějí mít fakturaci přímo napojenou na robustní účetní systém.
| Klíčové Vlastnosti | Detaily |
| Cílová skupina | Firmy, které již používají POHODU / Money S3 pro vedení účetnictví. |
| Kompatibilita | 100% kompatibilita a snadný přenos dat mezi fakturací a plným účetnictvím. |
| mPOHODA | Cloudová verze POHODY, ideální pro OSVČ, které vystavují faktury v terénu. Základní fakturace často zdarma. |
| Money S3 | Modulární systém, který nabízí pokročilé funkce včetně skladového hospodářství a mezd. |
| Nevýhoda | Často nižší uživatelská přívětivost a modernost rozhraní ve srovnání s čistě cloudovými nástroji. |
Shrnutí: Ideální pro firmy, kde účetní kancelář vyžaduje exporty v konkrétním formátu. Zajišťuje nejplynulejší přechod z fakturace do plného účetnictví.
5. FLOWii: CRM a Fakturace v Jednom
FLOWii je systém, který jde nad rámec pouhé fakturace. Je to komplexní CRM nástroj, který umožňuje spravovat zakázky, finance, úkoly, a zahrnuje i evidenci docházky.
| Klíčové Vlastnosti | Detaily |
| Cílová skupina | Živnostníci a firmy, které potřebují řízení zakázek a CRM. |
| Rozsah funkcí | Fakturace, CRM, evidence zakázek, úkolů, financí a docházky v jednom balíčku. |
| Cena/Tarify | Atraktivní bezplatná verze s velkým množstvím funkcí pro jednoho uživatele. |
| Integrace | Snadné propojení všech interních dat (fakturace navázaná na zakázky). |
Shrnutí: Pokud potřebujete řídit celý obchodní proces (od prvního kontaktu s klientem až po vystavení faktury) v jediné aplikaci, FLOWii je efektivní řešení typu „vše v jednom“.
Srovnávací Tabulka Top 5 Fakturačních Programů 2026
| Program | Ideální pro | Hlavní Výhoda | Mobilní App. | Integrace Účetnictví | Bezplatná Verze |
| Fakturoid | Freelanceři / OSVČ | Nejlepší automatizace (robot) a jednoduchost. | ✅ | POHODA, Money S3 | Omezený tarif. |
| iDoklad | Malé/Střední Firmy | Komplexnost a správa skladů/ceníků. | ✅ | POHODA, Money S3 | Omezený počet odběratelů. |
| Vyfakturuj.cz | E-shopy / Služby | Propojení s platebními bránami a pokročilé statistiky. | ✅ | POHODA, Money S3 | 30 dní zkušební verze. |
| mPOHODA | Klienti POHODA | 100% kompatibilita s největším účetním systémem. | ✅ | POHODA | Ano (základní funkce). |
| FLOWii | Firmy s CRM požadavky | CRM, úkoly a fakturace v jednom nástroji. | ✅ | POHODA, Money S3 | Ano (pro 1 uživatele). |
🔑 Co Zvážit Před Výběrem? Tři Klíčové Otázky
- Jste plátce DPH?
- Většina pokročilých programů (Fakturoid, iDoklad) je skvěle připravena na DPH, včetně vystavování faktur do EU a generování podkladů pro kontrolní hlášení. Vyberte nástroj s robustní funkcionalitou.
- Jaký je váš hlavní objem fakturace?
- Služby/Freelanceři (malý objem): Hledejte nejjednodušší rozhraní a dobrou mobilní aplikaci (Fakturoid, iDoklad).
- E-shop/Velký objem (automatizace): Důležité je API a integrace s platebními bránami (Vyfakturuj.cz, iDoklad).
- Komplexní správa (CRM): Pokud fakturace navazuje na zakázky, upřednostněte integrovaný systém (FLOWii).
- Kdo vám dělá účetnictví?
- Účetní kancelář: Ověřte si, jaký účetní software používají a jak snadno lze data exportovat. Mnoho účetních preferuje data z iDokladu, Fakturoidu nebo přímo z POHODY.
